但是由于耶律齐背叛的太过隐秘，郭破虏还相信这个姐夫，因此被耶律齐给八思巴带路，将郭破虏击杀，屠龙刀也由此落入了元廷的手中。只是后来，元廷始终没有发现屠龙刀的秘密，于是便将屠龙刀当成一件普通的神兵利器。乃到元末，元朝忌惮中原武林，于是故意放出屠龙刀，并放出百年前的传言“武林至尊，宝刀屠龙，号令天下，莫敢不从，倚天不出，谁与争锋”，来吸引江湖人士因为屠龙宝刀而自相残杀。
  至于郭芙带着倚天剑，也遭到了耶律齐的截杀，正在此时，神雕侠杨过出现，击杀了耶律齐，击退了蒙古国师八思巴，救下了郭芙。原来小龙女当年情花之毒其实并没有解掉，只是因为绝情谷底与世无争的特殊环境得以压制，然而一离开绝情谷，动了情爱之心，数年后就病逝了。
  杨过悲痛欲绝，然而终究缓了过来，他听说蒙古人攻势凶猛，于是就来襄阳相助郭靖黄蓉一臂之力。然而杨过终于晚来了一步，郭靖黄蓉以身殉国，郭破虏未能逃脱，被八思巴杀害。
  杨过也只来得及救下郭芙而已，眼见郭芙国破家亡，杨过与郭芙诉说当年情感，却是发现杨过其实爱着郭芙，郭芙心中也爱着杨过。于是乎，孤苦无依的两人就结为伴侣，后来又生下了儿女。耶律齐死后，因为和丐帮和郭芙的渊源，古墓一派始终都丐帮照拂有加。这也就是为什么倚天屠龙记时机，丐帮出现大危机，却去找古墓派求救，而没有去找同样渊源极深的峨眉派。
  而那黄衫女，众人皆以为是杨过与小龙女的后裔，却殊不知，小龙女出绝情谷底之时，已经四十岁了，又情花之毒未解，积毒多年，已经不可能生育。因此小龙女在度过一段快乐时光之后，就香消玉殒。这黄衫女却是杨过和郭芙的后代。
  一是这黄衫女出现在屠狮大会，以正宗的九阴神爪破去周芷若的九阴白骨爪，精通九阴真经。而众所周知，杨过所学的九阴真经残缺不全，全本的九阴真经包括总纲，只在郭靖黄蓉那里。所以其实是郭芙带来了全本的九阴真经，传给后裔。
  而郭芙不止带来了完整的九阴真经，还带来了降龙十八掌还完整的桃花岛一派的武功，这也就是为什么古墓派隐藏极深，外人绝难窥探，就是因为有黄药师的九宫八卦之阵防护。而黄衫女的侍女，也以八卦排列。
  而那郭襄，虽是“一见杨过误终生”，但是听闻父母殉国弟弟惨死的噩耗，终于大彻大悟，创立了峨眉派。峨眉派几代人都立志反元，哪怕传到灭绝师太，灭绝师太都和元朝势不两立。无他，实在是峨眉派与元朝有着血海深仇。
  而多年之后，杨过和郭芙来到峨眉，将倚天剑交给郭襄。三个人都已经老了，郭襄看到姐姐与自己朝思暮想的杨过在一起，却是一时无语，百感交集。
  所以后来郭襄半句话不提姐姐郭芙，峨眉派也去丐帮老死不相往来。