进入了锦州城内的临时大本营所在地之后，朱由检便让众人先行散去，只带着孙承宗等总参谋部的参谋们进入了官署。而海兰珠则带着侍卫们进入了后院，为崇祯安排下榻的地方去了。
  坐在了官署中收拾出来的会议室之后，朱由检便要求总参谋部对整个宁锦作战进行一次详细的汇报。花费了一个多小时听完了众人的汇报之后，朱由检便不客气的对参谋们说道：“这么看来，之所以会出现宁远守军受骗出击的事情。
  一是总参谋部在辽西镇推行的参谋体制没有得到落实，所以满桂将军才会轻信一个叛逃后金的军官，而不是从参谋官那里得到是否应该救援锦州的意见。
  二是年初的肃反行动力度看来还不够，还不能够震慑同后金有勾结的内部叛徒，所以这些人才敢同后金勾结，蒙蔽了满桂将军。
  在京城的时候，诸君交上来的军事演习计划看似条理清晰，算无遗策。可是现在后金只是一次试探性的进攻，你们的计划就立刻支离破碎，难以执行了。一个没有执行能力的计划，和没有计划又有什么区别？”
  崇祯的责备，顿时让之前心情刚刚有所开朗的参谋们又紧张了起来。他们完全想不到，该用什么样的语言来为这次的作战失利辩解。毕竟他们此前向皇帝送去演习计划的时候，可是信誓旦旦的保证过，他们已经将后金军队的一切反应计算在内了。
  然而等到总参谋部的成员们出了山海关之后，他们才发觉之前一直汇报发展良好的辽西镇参谋组织，除了后勤部门之外，其他方面也就是一个样子货而已。
  他们所制定的演习计划并不能按部就班的执行下去，因为各支军队中的参谋人员还无法通过一纸文书调动整支部队行事，必须要同一个个大小军头进行协商和谈好行动的条件。简单的来说，总参谋部在新军中如臂指使的指挥权力，在辽西诸军中根本行不通。
  在这里，即便是最为拥护朝廷的满桂所部，没有满桂的点头，总参谋部的命令就无法落实下去。当然这是指作战方面的命令，至于后勤部门因为脱离了各军成为了独立单位，反倒是最为服从总参谋部的指令的。
  辽西镇的军队分成了五个部分，何可纲率领的祖家军实力最强，其次是皇帝最为支持的满桂军，再次则是张春、朱梅和孙祖寿三部。孙祖寿乃是从昌平调任的山海关总兵，其军队组织算是最为接近于新军的了。
  孙承宗不得已，不得不把责任揽到了自己身上，向皇帝再次请罪，承认了自己失职的过错。朱由检这次到没有轻轻放过，而是要求总参谋部借此机会，对辽西镇上下进行一次全面的整顿。
  朱由检看着众人面无表情的说道：“…追究责任什么的，现在不谈这个。朕现在只要求大本营做一件事，全面重建辽西镇的参谋体系。
  一是要做到总参谋部颁发的命令在每只军队中都能上命下服；二是辽西镇的参谋体系能够做到下情上达，让总参谋部随时能够了解辽西镇各军的状况。
  朕授予大本营参谋本部全权，在组建参谋体系的过程中，如果有人抗命不遵，敷衍了事，弄虚作假的，该撤职撤职，该退役退役，该调任调任。朕绝不容许有人在军中搞特殊化，搞独立王国，搞拉帮结派的山头主义。辽西是大明的辽西，军队也是大明的军队…”
  对于皇帝的训话，众人都没有什么非议，甚至于某些人心里还有些窃喜。辽西镇作为大明最为强大的一只边军，即便这只边军的成立和孙承宗有极大的渊源，但想要让这只边军的大小军头交出对军队的绝对指挥权，也不是轻松可以做到的事。
  辽西镇的参谋体系之所以迟迟没能完成，同这只边军将领的抵制也是分不开的。现在他们虽然被皇帝重重的斥责了一通，但是却拿到了全面整顿边军系统的尚方宝剑，对于总参谋部来说，实在是趁机扩大自身权力的好事，自然不会有人提出反对的意见。
  这场会议结束之后，朱由检留下了孙承宗、孙传庭、李宏元三人，崇祯留下三人的目的，还是准备同他们谈一谈，之前他们已经开展起来的肃反问题。
  孙传庭和李宏元采用的肃反方式，还是此前刑部惠侍郎采用的方式，通过对军中将领的走访和谈话，对一些将士举报的问题进行调查，从而确定为后金办事的士绅和将领，虽然有所成效，但并不合崇祯的心意。
  朱由检沉吟了半天，对着三人说道：“自上而下的肃反，惠侍郎已经做的相当不错了，就算你们再怎么鼓捣，也不过抓出几只替罪羔羊而已，那些沉寂下去的两面人还是不会这么轻易的显露出来的。
  如今宁锦一带刚刚给后金蹂躏了一遍，地方上百姓和军中的普通将士正是怨气满腹的时候，他们大都是在本地土生土长之人，对于这里的大户和将领也是知根知底，他们肯定知道都有哪些大户和将领同后金那边有所勾结。
  总参谋部的肃反工作应当从这些底层的百姓和战士身上打开缺口，只有获得了最广大的百姓和军士的支持，我们才能把这些两面讨好的墙头草从我们的军队和政府中清除出去。也只有彻底的清除了这些吃里扒外的两面人，百姓和战士才会对朝廷恢复信心…”
  对于崇祯的话语，李宏元倒是什么感觉都没有，只是连连点头而已，但是孙承宗和孙传庭两人的脸色却变了。
  待到皇帝的话语刚刚停下，孙承宗已经快速的劝谏道：“陛下，采用告密的方式来消除那些两面三刀的小人，未必能够达到目的。反而有可能助长小人诬告之风，让一些酷吏看见了幸进之门。当年武唐大兴告密之风，结果除了让正人君子人心惶惶之外，只是成就了周兴、来俊臣这些酷吏的恶名，对于国家并没有什么好处啊。”
  孙传庭也连连点头说道：“陛下，臣也附议孙总长的说法，这告密之风不可开啊。辽西本就是对付后金的第一道屏障，如果弄的军中上下同僚之间互不信任，一团散沙的辽西镇还拿什么去抵挡后金军队的进攻呢？”
  李宏元虽然觉得这两位上官的话语有些夸大其词了，但他还是明智的保持了沉默，等待皇帝的决断。
  孙承宗和孙传庭的话语只是让崇祯犹豫了片刻，很快他便说道：“你们说的很是正确，但你们似乎误解了朕的意思。
  朕要求的是，发动群众去斗争那些破坏了他们平静生活的叛徒败类，而不是拿告密来对付某些人。这些同后金勾结的士绅将领难道损害的仅仅是国家的利益么？他们勾结后金军队入侵，同样也在损害了普通百姓和将士的利益。
  那些被后金军队劫掠财物、妻女的普通百姓，那些被后金军队杀死的守堡将士，难道不也是受害者么？朝廷要把这些两面人揪出来，不仅仅是为了消灭将来的隐患，同样也是为了那些普通百姓、军士讨一个公道。
  对付这些祸害了地方和国家的两面人，我们为什么需要保密？害怕被曝光的难道不是这些出卖了国家和百姓的败类么？我们应当光明正大的对这些败类喊打喊杀，让他们成为不敢见人的过街老鼠。这才能够起到唤醒百姓，警示众人的爱国主义宣传…”
  在崇祯的坚持己见下，孙承宗、孙传庭这两名出身士大夫的官员最终还是勉为其难的接受了皇帝的意见，决定先试行一段时间，看看效果再说。
  接下来的两日里，朱由检并没有躲在官署内休养，而是让人替自己安排了许多视察锦州各处的行程。
  作为大明和后金之间最前方的军事重镇，锦州城内除了一些商户之外，便是军人和军户，普通人几乎没有。
  孙承宗虽然并不赞成皇帝制定的视察行程，但也知道在城内视察的安全保障还是有的，比起皇帝心血来潮前往城外游玩，倒还是让崇祯在城内见见那些底层的大明将士更让他省心。
  锦州城周长约7里有余，护城河长近8里，宽近12米，深4米。锦州城实际修于元代，大明开国之后对此地进行了两次大修，方才有了现在这个规模。城内的布局和其他北方城池没什么区别，以鼓楼为中心，然后建东西南北四街。
  城内包括平民大约有近2万人，崇祯马不停蹄的奔波了两日，也只是堪堪将全城走了个遍而已。虽然这两日的行程让本就因为长途奔波而疲惫不堪的崇祯感到了更深的疲惫，但是他的精神却相当的好。
  在视察的过程中，他看到了锦州城内的大部分军民，不，应该说让大部分的锦州军民看到了他，并接见了几乎所有的参将、游击军官，和近四分之一的中下级军官。
  大明开国以来200余年，朱家正统的观念早已深入人心。虽然这些锦州军民此前从未见过崇祯，但是当崇祯出现在他们面前时，朱由检能够看得到，这些普通百姓和军士脸上表现出来的激动情绪。
  也就在这个时候，朱由检才发现为什么古往今来的开国皇帝都是这么信心满满了。哪怕是一个普通人，在这么多全心全意信任自己的军民面前，也不自觉的充满了自信，相信自己拥有无所不能的力量了，更何况是那些依靠自己的能力和魅力赢得部下效忠的开国君王了。
  崇祯这两日的视察行程，同样震慑了那些辽西将门大户，曾经把这些军民视为私产的他们，现在发觉，他们以为的力量，其实并不完全属于他们。于是总参谋部整顿辽西诸军，完善参谋体系的工作，实践起来并不是那么的困难了。