在朱元璋整肃官吏的同时，另一个大案——胡惟庸案也在进行中，这个案件并没有因为胡惟庸的死亡结束，它仍然延续着，不断有某人因为另一某人的供词被杀，何处是个头？
  出人意料的是，李善长还活着，他与胡惟庸是庆家，而且他弟弟李存义是板上钉钉的同党，朱元璋考虑到他在朝廷中的巨大影响力，不但没有杀他，连他的弟弟李存义也免死，放逐到崇明岛（今上海崇明岛），这应该算是很大的恩典了。
  然而李善长很明白，自己活不了多久了。他太了解朱元璋了，自己毕竟还是或多或少参与了谋反，以这个人的性格绝不会放过自己。
  朱元璋，来杀我吧！首级任你来取！
  洪武二十三年（1390），李善长家里修房子，他已经不是当年的丞相了，不能再呼风唤雨，但总得找人修啊，难道要自己动手？他想到了带兵的汤和。
  汤和是他的老乡，也是他的好友，他向汤和请求借三百士兵当劳工。这似乎是一件平常的事情。然而有一件事是他绝没有想到的。
  汤和出卖了他
  在借给李善长三百士兵后，汤和立刻密报了朱元璋，朱元璋又一次对李善长动了杀机。
  应该说三百人实在是干不了什么的，而且兵还是汤和派出去的，不会听李善长的指挥，即使如此，这件事情已经足以成为骆驼背上的第一根草了。
  这样看来，汤和能够活到最后，实在是有他的道理。
  老眼昏花的李善长似乎是嫌自己活得太长，他立刻犯了第二个错误。
  他的亲信丁斌因为犯法应该被流放，李善长却上书为丁斌求情。朱元璋又一次愤怒了，你以为自己是谁！我处理犯人还要你来管吗？他下令不再流放丁斌，却没有释放他，而是将他关到监狱里，日夜拷打。朱元璋相信，李善长身上一定有着某些秘密，而这个秘密丁斌一定知道。事实证明，他的判断是对的。
  李善长所作所为对得起丁斌，丁斌却对不起李善长。
  他供认了李存义与胡惟庸共同谋反的细节。朱元璋当机立断，把李存义抓了回来，还是严刑拷问，李存义于是又供出了他劝说李善长的情况，而李善长的那句“汝等自为之”也成为了朱元璋嘴里出现频率最高的词句之一。
  骆驼就要倒了，再加一把稻草吧，到了这个时候，稻草是不难找的
  李善长的家奴经过仔细的分析，认为时机已到，落水狗不打白不打，打了不白打。他们合谋以受害者的身份向朱元璋申述，自己长期受到李善长的欺压，并状告李善长积极参与胡惟庸谋反，并且将时间地点说得相当清楚，虽然以他们的身份似乎不太可能知道得这么清楚。但在当时，这一点并不重要。
  此时凑热闹的人也不断的多了起来，御史们纷纷上书，弹劾李善长，从上朝时不注意礼节到贪污受贿，罪名无所不包，似乎恨不得控诉他修建房子过程中砍伐树木，破坏了环境。更让人想不到的是，一个绝对与办案八杆子打不上边的部门也在李善长身上踩了一脚，说来实在让人啼笑皆非。
  这个部门是钦天监，主要负责天文历法，无论怎么也想不到看天文的还能插一脚，但他们确实做到了，可见世上无难事，只怕有心人。
  他们向朱元璋奏报，最近出现星变，是不吉利的预兆，然后提出了解决的方法“当移大臣”。
  要什么来什么，真是不能不服啊。
  李善长活到头了，别说什么铁券，就是钻石券也救不了他。
  追随你几十年，终于到了终点，我不能再陪你了，自己走完这条路吧。
  不管怎么说，李善长都没有谋反的理由，他的儿子娶了公主，他本人不但是朱元璋的亲家，也是第一重臣，即使胡惟庸谋反成功，他最多也只是第一重臣，有谋反的必要吗？
  朱元璋自然知道李善长没有必要去谋反，但他却有必要杀掉李善长。
  念及李善长跟随自己多年，在临刑前朱元璋见了李善长最后一面。
  朱元璋坐在自己的宝座上，看着跪在下面的李善长
  这个人曾经是我最信任的部下，现在我要杀他
  李善长跪在地上，抬头望着朱元璋
  这个人曾经是我最真诚的朋友，现在他要杀我
  还能说什么呢，什么都不用说了
  李善长看着朱元璋，几十年前，他投奔了这个人，他们彻夜长谈，相见恨晚，共同谋划着将来的远大前景。那一年，李善长四十岁，朱元璋二十六岁。
  他向现在的皇帝朱元璋叩头谢恩，走出了大殿。
  李善长走上了刑场，他最后看了一眼天空
  今天的天气真好，天很蓝
  他突然想到，三十六年前，他走进朱元璋军营的那天，似乎也是个晴朗的天气。
  洪武二十三年（1390），朱元璋杀李善长，夷其三族。